Margarita Martínez ha recibido desde 2009 amenazas y ataques a ella y su familia por el trabajo realizado en comunidades indígenas en favor de los derechos humanos y la salud integral de mujeres indígenas en Chiapas. En febrero de 2010 Margarita fue privada de su libertad y torturada por sujetos desconocidos para que se desistiera de la denuncia penal que había interpuesto en contra de funcionarios del gobierno de Chiapas por las agresiones a ella y su familia.
Por el riesgo a la vida e integridad que ella y su familia enfrentan, la Comisión Interamericana de Derechos Humanos solicitó medidas cautelares para garantizar una efectiva protección. Dichas medidas han sido implementadas deficientemente por el Estado Mexicano. Hasta el momento los autores materiales e intelectuales de los hecho no han recibido sanción alguna y las amenazas continúan.
